การพัฒนาซอฟต์แวร์ที่มีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) ที่มีส่วนเกี่ยวข้องต่อการเกิดโรค
Full Metadata
| Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.author | อุนิตษา สังข์เกตุ | - |
| dc.contributor.department | Faculty of Science (Molecular Biotechnology and Bioinformatics) | - |
| dc.contributor.department | คณะวิทยาศาสตร์ สาขาวิชาชีววิทยาโมเลกุลและชีวสารสนเทศ | - |
| dc.date.accessioned | 2022-01-21T07:34:30Z | - |
| dc.date.available | 2022-01-21T07:34:30Z | - |
| dc.date.issued | 2559 | - |
| dc.description.abstract | SNP-SNP interactions associate diseases such as influenza. Influenza is an infectious disease caused by the influenza virus (IFV) and outbreaks each year. The vaccine resistance can be appeared if the genetics shifts or drifts of IFV are occurred. Close monitoring of genetics evolution of IFV is essential information for emerging seasonal influenza vaccine design and composition to protect people from the IFV. The SNP-SNP interactions of IFV of each influenza epidemic are classified for understanding the genetics evolution of IFV. However, classifying SNPs by manual visualization is time consuming and produces some error. Therefore, SNPer program was developed to speed up the capacity and eliminate errors of grouping the SNPs. The SNPs of IFV populations were grouped the into (1) universal SNPs, (2) likely common SNPs, and (3) unique SNPs. SNPer executed only three seconds with no error of SNP classification events analyzed with 40 hours with errors using manual visualization. SNPer can perform not only on SNPs of IFV but also on SNPs of other organisms. | en_US |
| dc.description.abstract-th | การปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) มีส่วนเกี่ยวข้องต่อการ เกิดโรค เช่น โรคไข้หวัดใหญ่ เป็นต้น โรคไข้หวัดใหญ่เกิดจากเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ ซึ่งเป็นโรคที่ร้ายแรงและ คร่าชีวิตผู้คนไปมากมาย เนื่องจากเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่มีการปรับเปลี่ยนพันธุกรรมของตัวเองเพื่อสามารถ ต้านวัคซีนได้ ดังนั้นจึงมีจําเป็นต้องเข้าใจการปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs ของเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ในระหว่าง การเกิดวิวัฒนาการของพันธุกรรม เพื่อใช้สําหรับพัฒนาวัคซีนที่ป้องกันเชื้อดังกล่าวได้ในอนาคต ในการทํา ความเข้าใจการปฏิสัมพันธ์ของ SNPs ในช่วงวิวัฒนาการของพันธุกรรมของเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ จะต้องจัด กลุ่มพันธุกรรมที่เหมือนกันหรือต่างกันของเชื้อไวรัสที่ระบาดในแต่ละช่วง ซึ่งในการจัดกลุ่มดังกล่าวถ้าจัด กลุ่มด้วยตามนุษย์จะใช้เวลานาน อีกทั้งมีความผิดพลาดเกิดขึ้นตามมา ในงานวิจัยนี้จึงได้ทําการพัฒนา ซอฟต์แวร์ที่มีประสิทธิภาพสําหรับการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs ที่มีชื่อว่า SNPer เพื่อช่วยในการ ลดระยะเวลาในการวิเคราะห์ และกําจัดความผิดพลาดดังกล่าว จากการทดลองจัดกลุ่ม SNPs ในกลุ่ม ประชากรตัวอย่างไวรัสไข้หวัดใหญ่ 3 ตัวอย่างได้ SNPs ออกมา 3 กลุ่มคือ 1) SNPs ที่เหมือนกันทั้ง 3 ตัวอย่าง 2) SNPs ที่เหมือนกันในบางตัวอย่าง 3) SNPs ที่ไม่ซ้ํากันเลยใน 3 ตัวอย่าง จากการทดลอง SNPer ใช้เวลาในการจัดกลุ่ม SNPs ชุดนี้เพียงแค่ 3 วินาที โดยไม่เกิดข้อผิดพลาดใดๆ ซึ่งจะเห็นได้ว่าลด ระยะเวลาในการทํางานเป็นอย่างมาก เมื่อเทียบกับการจัดกลุ่มด้วยตามนุษย์ที่ใช้ระยะเวลาประมาณ 40 ชั่วโมง พร้อมกับมีข้อผิดพลาดเกิดขึ้น ทั้งนี้ SNPer สามารถถูกนํามาใช้ในการจัดกลุ่มของสิ่งมีชีวิตอื่นได้อีกด้วย | en_US |
| dc.identifier.uri | http://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/17379 | - |
| dc.language.iso | th | en_US |
| dc.publisher | มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ | en_US |
| dc.subject | Single nucleotide polymorphisms | en_US |
| dc.subject | ซอฟต์แวร์ การพัฒนา | en_US |
| dc.title | การพัฒนาซอฟต์แวร์ที่มีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) ที่มีส่วนเกี่ยวข้องต่อการเกิดโรค | en_US |
| dc.title.alternative | Development of efficient software for analyses of SNP-SNP interactions associated a disease | en_US |
| dc.title.alternative | รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์ การพัฒนาซอฟต์แวร์ที่มีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่าง SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) ที่มีส่วนเกี่ยวข้องต่อการเกิดโรค | en_US |
| dc.type | Technical Report | en_US |
Files
Collections