Please use this identifier to cite or link to this item: http://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/19494
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorPharanai Sukhumungoon-
dc.contributor.authorAphisara Sae-lim-
dc.date.accessioned2024-06-19T06:40:55Z-
dc.date.available2024-06-19T06:40:55Z-
dc.date.issued2019-
dc.identifier.urihttp://kb.psu.ac.th/psukb/handle/2016/19494-
dc.descriptionMaster of Science (Microbiology (International Program)), 2019en_US
dc.description.abstractNon-0157 Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) are gradually become a major public health concern worldwide. One of the STEC potential vehicles carrying them to humans are raw meats. Thus, this current study investigates the STEC in an important serogroup, O45, 0103, 0111 and 0145, from raw meats in southern Thailand by immunomagnetic separation technique (IMS). The prevalence of E. coli 045, 0103, 0111 and 0145 were found to be 12.4%, 42%, 0%, and 3%, respectively. Most of them were not members of STEC including other five diarrheagenic E. coli (DEC) pathotypes except serogroup 0145 that belonged to atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC) and one 0103 strain (strain 103.10) from chicken that identified to be extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). Investigation of other virulence genes exhibited that fimH, responsible for bacterial adherence, was the gene that found in all strains in all serogroups while asta encoding for EAST-1 toxin was found in 045 and 0103 as 63.2% and 20.8%, respectively. In addition, Ipf encoding long polar fimbriae was found in 045 and 0145 as 30.6% and 100%, respectively. Phylogenetic group analysis demonstrated that the majority of E. coli 045 belonged to group D (88%) followed by group A (8%) and B1 (4%) but none belonged to group B2. Contrary, E. coli O103 showed that 3%, 5%, 30% and 62% of strains belonged to group B2, D, B1 and A, respectively. While all E. coli O145 isolates belonged to phylogenetic group D. Intactness of stx2 phage integration sites revealed that in O45 and 0103, sbcB was occupied by some prophages in highest rate, followed by Z2577. No prophage integration was detected in all E. coli O145. Antimicrobial susceptibility assay of 045 and 0103 showed the high proportion of resistance to cephalothin (78% and 78%), streptomycin (51% and 93%), cotrimoxazole (39% and 28%), tetracycline (31% and 48%) and chloramphenical (23% and 33%), respectively. Furthermore, multi-drug resistant ability was found in 49% and 59.2% of 045 and O103, respectively. DNA typing of E. coli 045 and 0103 surrogates by BOX-PCR analyzed at 80% genetic similarity exhibited 5 and 22 distinct clusters. Interestingly, in each serogroup, some strains from different samples and different time intervals demonstrated the identical fingerprint, suggesting that they are genetically closely related or they may be originated from the same bacterial clones. Keywords: Escherichia coli 045, Escherichia coli O103, Escherichia coli O111, Escherichia coli O145, atypical enteropathogenic Escherichia coli, raw meat, southern Thailanden_US
dc.description.sponsorship2017 Faculty of Science Research fund, Prince of Songkla University (contract no. 1-2560-02-002)en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherPrince of Songkla Universityen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Thailand*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/th/*
dc.subjectEscherichia colien_US
dc.titleInvestigation and Characterization of Escherichia coli 045, 0103, 0111 and 0145 from Raw Meats, Hat-Yai City, Thailanden_US
dc.title.alternativeการตรวจสอบและการอธิบายลักษณะของเชื้อ Escherichia coli 045, 0103, 0111 และ 0145 จากเนื้อสัตว์ดิบ อำเภอหาดใหญ่ ประเทศไทยen_US
dc.typeThesisen_US
dc.contributor.departmentFaculty of Science (Microbiology)-
dc.contributor.departmentคณะวิทยาศาสตร์ ภาควิชาจุลชีววิทยา-
dc.description.abstract-thShiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) ในกลุ่ม non-0157 เริ่มกลายเป็นกลุ่มที่สร้างความวิตกกังวลทางด้านสาธารณสุขทั่วโลก โดยมีเนื้อสัตว์เป็นหนึ่งในพาหะสําคัญที่ สามารถถ่ายโอนเชื้อเหล่านี้สู่คนได้ทางการบริโภค การศึกษานี้ได้ทําการตรวจหาเชื้อ STEC ทั้ง 4 ซี โรไทป์ที่สําคัญได้แก่ 045, O103, O111 และ 0145 จากเนื้อสัตว์ดิบ ทางภาคใต้ของประเทศไทย โดยวิธี Immunomagnetic separation (IMS) จากการตรวจหาพบว่าความชุกของ E. coli O45, O103, O111 และ O145 เป็น 12.4, 42, 0 และ 3 เปอร์เซ็นต์ ตามลําดับ แม้ว่าเชื้อ E. coli เหล่านี้ไม่ได้จัดอยู่ ในทั้ง 5 กลุ่มของ diarrheagenic E. coli (DEC) ยกเว้น E. coli 0145 ที่จัดอยู่ในกลุ่ม atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC) และ E. coli O103 จํานวน 1 ไอโซเลทซึ่งแยกได้จากเนื้อไก่ที่จัด อยู่ในกลุ่ม extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) การตรวจหายืนก่อโรคอื่นๆ พบว่าทุกไอโซ เลทในทุกซีโรไทป์ ตรวจพบยีน fimH ซึ่งเกี่ยวข้องกับการยึดเกาะของแบคทีเรีย นอกจากนี้ E. coli 045 และ 0103 ยังตรวจพบยีน asta ซึ่งเกี่ยวข้องกับการสร้าง enteroaggregative heat stable enterotoxin 1 (EAST-1) ในอัตรา 63.2% และ 20.8% ตามลําดับ อีก 30.6% ของ E. coli 045 และ 100% ของ E. coli 0145 ตรวจพบยืน Inf (ถอดรหัสสร้าง long polar fimbria) ผลการวิเคราะห์ phylogenetic group ของ E. coli 045 พบว่าจัดอยู่ใน phylogenetic group D (88%), A (8%) และ B1 (4%) แตกต่างจาก E. coli 0103 ที่พบ 3%, 5%, 30% และ 62% จัดอยู่ใน phylogenetic group B2, D, B1 และ A ตามลําดับ ในขณะที่ aEPEC 0145 อยู่ใน phylogenetic group D ทั้งหมด การตรวจหา การแทรกแซงของ start, phage พบว่า E. coli 045 และ O103 ถูกแทรกแซงด้วย phage ในตําแหน่ง sbcB ในอัตราที่สูงที่สุด ตามมาด้วยตําแหน่ง Z2577 อย่างไรก็ตามพบว่าทั้งห้าตําแหน่งใน E. coli O145 ยังไม่เคยถูกแทรกแซงด้วย prophage การตรวจสอบการดื้อต่อยาต้านจุลชีพของ E. coli 045 และ O103 แสดงให้เห็นว่ามีการดื้อต่อยาเหล่านี้ในอัตราที่ค่อนข้างสูงได้แก่ cephalothin (78% และ 78%), streptomycin (51% และ 93%), cotrimoxazole (39% และ 28%), tetracycline (31% และ 48%) และยา chloramphenical 23% และ 33%) ตามลําดับ นอกจากนี้พบว่าเชื้อบางสายพันธุ์ของ E. coli O45 และ O103 มีความสามารถในการดื้อต่อยาต้านจุลชีพหลายชนิด (multi-drug resistance) คิดเป็นร้อยละ 49 และ 59.2 ตามลําดับ การตรวจสอบรูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอของสายพันธุ์ที่ใช้ เป็นตัวแทนใน E. coli O45 และ O103 โดยวิธี BOX-PCR ที่ 80% similarity พบว่าสามารถแยกได้ 5 และ 22 cluster ตามลําดับ นอกจากนี้ยังมีบางสายพันธุ์ซึ่งแยกได้จากตัวอย่างและช่วงเวลาที่แตกต่าง กัน ที่ให้รูปแบบลายพิมพ์ดีเอ็นเอเหมือนกันทุกประการบ่งบอกได้ว่าสายพันธุ์เหล่านี้มีความใกล้ชิด กันทางพันธุกรรม หรือมีต้นกําเนิดมาจากโคลนเดียวกัน คําสําคัญ: Escherichia coli 045, Escherichia coli 0103, Escherichia coli 0111, Escherichia coli 0145, atypical enteropathogenic Escherichia coli, เนื้อสัตว์ดิบ, ภาคใต้ของประเทศไทยen_US
Appears in Collections:326 Thesis

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
435471.pdf2.45 MBAdobe PDFView/Open


This item is licensed under a Creative Commons License Creative Commons